Charakteristika skupín a základných taxonomických jednotiek v mikrobiológií (Úvod do mikrobiológie)

     Taxonómia je náuka o triedení, určovaní a pomenovaní organizmov. Súčasťou taxonómie sú teda tri samostatné ale navzájom prepojené oblasti: klasifikácia, nomenklatúra a identifikácia.

1. Klasifikácia – pri klasifikácii organizmov do taxónov sa uplatňujú systémy prirodzené, teda založené na fylogenetickej a genetickej príbuznosti umele sa opierajúce o fenotypovú podobnosť. Základné taxonomické jednotky:

¨      Ríša (Regum)

¨      Oddelenie  (Divisio)

¨      Trieda (Classis)

¨      Rad (Ordo)

¨      Čeľaď (Familia)

¨      Rod (Genus)

¨      Druh (Species)

Klasifikácia môže byť:

a) monothetická – je bežná pri rastlinách a živočíchoch, triedenie sa robí postupne a začína sa najvýznamnejším znakom, ktorý je fylogeneticky najstarší znak

b) polythetická – pripisuje všetkým znakom rovnakú hodnotu a jedince rozdeľuje do skupín podľa celkovej podobnosti popísanej hodnotami čo najväčšieho počtu znakov

Pri klasifikácie sa využívajú najmä fenotypové znaky: tvar bunky, veľkosť, gramovo farbenie, pohyblivosť, tvorba spór, počet a umiestnenie bičíkov, tvar a farba kolónie, produkcia pigmentov, typ metabolizmu, vzťah ku kyslíku, typ výživy, produkcia určitých metabolitov, typický biotop atď....

Z genotypových znakov sú to: molárne percento GC párov v DNA, % zhodnosť primárnej štruktúry DNA, stupeň podobnosti genetickej mapy, stupeň podobnosti primárnej štruktúry génu.

2. Názvoslovie  - je podobne ako v botanike binomické. Základná taxonomická jednotka je druh a tá sa označuje dvomi slovami. Podstatné meno určuje rod a píše sa veľkým písmenom a prídavné meno, ktoré určuje druh uvedeného rodu a píše sa s malým začiatočným písmenom. Názvoslovie je latinské.

Ďalšie taxonomické označenia:

ü      Kmeň – označuje súbor buniek určitého druhu a rovnakého pôvodu, buď ide o zbierkový kmeň, alebo o kmeň izolovaný z prírody alebo iného prostredie

ü      Biotyp (biovar) – kmeň, ktorý má špecifické fyziologické vlastnosti

ü      Serotyp (serovar) – kmeň, ktorý má charakteristické antigénne vlastnosti

ü      Phatotyp (phatovar) – kmeň, ktorý má patogénne vlastnosti pre určitého hostiteľa

ü      Morfotyp (morfovar) – kmeň, ktorý má špecifické morfologické vlastnosti

ü      Fagotyp (fagovar) – kmeň, ktorý má schopnosť byť hostiteľom určitého vírusu (fága)